Prodi compare anche nella saga dei Tanzi, ovvero l'affare Parmalat. Nell'inchiesta sui finanziamenti di Tanzi ai politici, infatti, un capitolo è dedicato proprio al professore di Bologna, all'epoca presidente della Commissione europea. Il 27 gennaio 2004, Calisto Tanzi dice di avere effettuato due versamenti da 150 milioni ciascuno a Gianni Pecci, fedelissimo di Prodi al punto da essere l'ispiratore del pullman elettorale. I versamenti sarebbero stati effettuati da Piergiovanni Tanzi, segretario del re del latte per le politiche del '96 e nel 2003. Prodi, faccia a faccia con Vito Zincani, procuratore reggente di Parma, nella procura di Bologna ridimensiona e smentisce tutto in due pagine e mezzo di verbale nel quale dice che con Pecci non ha da tempo più rapporti, afferma di avere avuto sì due finanziamenti, ma di 5 e 4 milioni di lire per il pullman elettorale versati all'associazione "L'Italia che vogliamo" e poi transitati nell'associazione "I democratici", e che le somme erano regolari in quanto sotto i limiti della legge sul sovvenzionamento ai partiti. Prodi ammette di conoscere Tanzi visto che è stato ministro dell'Industria dal 1978 al 1979, presidente Iri dal 1982 al 1989 e dal 1994 al 1995, presidente del Consiglio dal 1996 al 1998 e presidente del comitato scientifico di Nomisma. Quindi i suoi sono stati rapporti di lavoro. E dice al magistrato di non ricordare un presunto passaggio sull'aereo di Tanzi da Roma a Bologna con D'Alema. La versione dei fatti fornita da Prodi viene anche confermata dallo stesso Pecci. A tutto ciò bisogna aggiungere un altro paio di questioni "morali". Prodi intasca 13.750 euro ovvero 27 milioni di care e vecchie lire, come eredità di quando era europresidente. Cioè, a Prodi fino al 2007 viene garantito il 55% dello stipendio in quanto ex capo della commissione europea grazie a una legge aggiornata dal Consiglio Ue nel 2004. E in qualità di candidato premier, riceve dalle casse della sua coalizione un milione di euro l'anno.